Historia Fortune Arterial obraca się wokół Koheia Hasekury – chłopaka, który właśnie przepisał się do bardzo prestiżowej, publicznej szkoły w angielskim stylu, gdzie to nauka trwa 6 lat, co pokrywa jednocześnie program gimnazjum i liceum. Placówka ta znajduje się na Wyspie Tamatsu niedaleko Japońskiego wybrzeża, a jedynym sposobem, aby się tam dostać, jest wynajęcie statku. Niedługo po przenosinach, nasz bohater odkrywa, że Sendo Erika, uczennica równoległej klasy, w rzeczywistości jest wampirem!