Shintaro Kisaragi, to bezrobotny chłopak od dwóch lat nie wychodzący ze swojego pokoju. Prowadził on spokojne życie aż do momentu, kiedy poznał cybernetyczną dziewczynę o imieniu Ene, która nagle pojawiła się na ekranie jego komputera – zdarzenie to zdaje się być powiązane z anonimowym e-mailem, który nasz bohater dostał rok temu. Pewnego dnia Ene psuje coś w sprzęcie naszego bohatera, co zmusza go pierwszego od calutkich dwóch lat wyjścia z domu.