Protagonista o imieniu Makoto Naegi dostaje się do Liceum Kibougamine, gdzie każdy z uczniów ma w sobie coś specjalnego. Każdy z nich ma „Superlicealny poziom” taki jak Superlicealna Idolka czy Superlicealny Panicz, jednakże nasz bohater różni się od całej reszty, gdyż sam w sobie nie ma żadnego talentu i został przydzielony do szkoły przez loterię, przez co przybywa z tytułem Superlicealnego Szczęściarza. Tuż po przekroczeniu progu zabudowy chłopak traci przytomność, a po przebudzeniu znajduje się w klasie, gdzie wszelkie wyjście na światło dzienne zostało odcięte. Ostrożnie bada swoje otoczenie, aż jego uwagę zwraca szkolna broszurka, która instruuje go jak dojść do sali gimnastycznej, czyli miejsca, gdzie ma rozpocząć się ceremonia otwarcia. Po jakimś czasie odnajduje czternastu uczniów z jego klasy i po raz pierwszy konfrontuje z postacią odpowiedzialną za całe zajście, którą jest mechaniczny niedźwiedź o imieniu Monokuma. Miś wystawia studentów na próbę i prowokuje rozpoczęcie szkolnego koloseum, gdzie nie ma miejsca na bezgraniczne zaufanie, gdyż jedynym sposobem na ucieczkę z akademii jest zbrodnia idealna, czyli morderstwo bez bycia zdemaskowanym.