Madoka jest zwykłą, niczym nie wyróżniającą się uczennicą drugiej klasy gimnazjum. Pewnego razu nawiedza ją sen, w którym na tle zrujnowanego miasta tajemnicza czarnowłosa dziewczyna walczy z czymś straszliwym. Przegrywa. Samą Madokę z kolei dziwne białe stworzenie zapytuje, czy chce zmienić przeznaczenie i uwolnić swą moc zostając maho shojo. Wkrótce potem dziewczyna budzi się i szybko zapomina o tych przedziwnych scenach. Nie dane jej jednak będzie pozostać obojętną, gdyż tego samego dnia do szkoły trafia nowa uczennica. Ta sama, którą widziała wcześniej we śnie. Jak się okazuje, wizje Madoki zaczynają znajdywać potwierdzenie również na jawie.