Dnia 10 sierpnia roku 2010 a.t.b. (imperialny kalendarz, Ascension Throne Britannia czyli wstąpienie na tron Brytanii, który różni się od kalendarza Gergoriańskiego o 55 lat wstecz), Święte Imperium Brytyjskie zmiażdżyło siły wojskowe i podbiło Japonię w przeciągu niecałego miesiąca przy pomocy nowego typu broni, olbrzymich robotów zwanych Knightmare Frame. W wyniku tego Japonia straciła swoją niepodległość, swoje prawa i nawet swoją nazwę, zostając mianowana "Strefą 11" Imperium Brytyjskiego. Japończycy, przemianowani teraz na "Jedenastostrefowców", są zmuszeni do życia w ubóstwie, gdy w tym samym czasie osiedli tu Brytyjczycy żyją w luksusowych dzielnicach. Nic dziwnego, że powstają ruchy oporu, jednak nie mają one zbyt dużej siły przebicia.

Code Geass: Lelouch of the Rebellion śledzi losy brytyjskiego studenta, Leloucha Lamperouge, który przypadkiem zostaje uwikłany w jedną z akcji terrorystycznych przeprowadzanych przez Japończyków przeciwko okupantowi. Zostaje schwytany przez siły Brytanii i ma zostać rozstrzelany za popieranie terrorystów. Życie ratuje mu tajemnicza dziewczyna, która obdarowuje go mocą Geass: Lelouch może wydać każdemu dowolny rozkaz i zostanie on bezwzględnie wykonany. Młody Lamperouge staje na czele japońskiego powstania przeciwko Imperium: okazuje się bowiem, że jego prawdziwe imię to Lelouch vi Britannia i jest 17-tym w kolejności sukcesji do tronu Brytanii. Wypędzony z rodzinnego kraju pragnie tylko jednego - zemsty na swoim ojcu, brytyjskim Imperatorze oraz stworzenia świata, w którym jego siostra Nunnally będzie mogła żyć szczęśliwie.