Szkolna komedia romantyczna obracająca się wokół drugoklasisty z liceum o imieniu Sorata Kanda, mieszkającego w Sakurasou, akademiku dla problematycznych uczniów prowadzonym przez jego szkołę. Pewnego dnia wprowadza się tam Mashiro Shiina — śliczna dziewczyna, a zarazem świetna artystka uważana za prawdziwego światowca.
Bohater postanawia sobie, że będzie chronił Mashiro od dziwaków z Sakurasou – wtedy wychodzi na jaw jej zaskakujący sekret: dziewczyna nie ma zielonego pojęcia jak dbać o siebie! Ciągle się wszędzie gubi, cały czas wydaje się nieobecna myślami, a jej pokój to jeden wielki bajzel. Przyjaciele Soraty z akademika wyznaczają go na "Pana" blondynki. W ten sposób zwyczajny chłopak i genialna dziewczyna zaczynają żyć jako "Pan i jego zwierzątko".