Shido Itsuka jest licealistą. Ostatniego dnia wiosennej przerwy świątecznej, ogromna eksplozja niszczy sporą część miasta, zaś przed chłopakiem pojawia się tajemnicza dziewczyna ubrana w zbroję. Szwagierka Shido, Kotori, wyjawia mu, że dziewczę to zwane jest "Specjalnie Zaprojektowanym Stworzeniem Katastrofalnym: Spiritem", który wywołuje wstrząsy czasoprzestrzenne. Kotori nie wspomina, iż jest dowódcą specjalnej organizacji anty-Spiritom – Ratatosk. Zamiast tego nakazuje chłopakowi iść na randkę z nową przybyszką: "Nie proszę Cię, byś pokonał Spirita. Po prostu pozwól jej się w Tobie zakochać i uratuj świat."