Historia licealisty imieniem Kazuki Muto, który ginie próbując uratować nieznajomą dziewczynę przed atakiem potwora zwanego homunkulus\'em (bestia żywiąca się ludźmi i potrafiąca przybrać formę człowieka). Nazajutrz jednak nastolatek budzi się z krzykiem i zastanawia się, czy to wszystko było jedynie koszmarem nocnym. Podczas następnego ataku homunkulus\'a, uświadamia sobie, że został ożywiony przez tą samą dziewczynę za pomocą alchemicznego urządzenia zwanego Kakugane, które od tamtego wydarzenia zastąpiło mu zniszczone serce i dało mu nową moc. Kazuki postanawia wykorzystać nową moc i wspomóc tajemniczą dziewczynę imieniem Tokiko w jej walce z homunkulus\'ami. Wkrótce później okazuję się, że Tokiko jest członkiem Renkin Kenshi, organizacji chroniącej świat przed homunkulus\'ami, do której dołącza też Kazuki.
