Istnieje miejska legenda opowiadająca o shinigami, który może uwolnić ludzi od bólu. Ten \"Anioł Śmierci\" nazywa się - Boogiepop. A legendy są prawdziwe, Boogiepop jest prawdziwy. Gdy w Akademii Shinyo nagle zaczynają znikać studenci, policja zakłada, że to po prostu osoby uciekające na własną rękę. Jednak Nagi Kirima wie lepiej. Coś tajemniczego wisi w powietrzu. Czy to Boogiepop, czy coś jeszcze bardziej złowrogiego...?