Kontynuacja pierwszej serii. Widmo zagrożenia nad Index pomału zanika. Na nieszczęście głównego bohatera Kamijou Touma, to właśnie na niego spadnie całe niebezpieczeństwo. Jego moc Imagine Breaker stanie się obiektem zainteresowania organizacji God s Right Seat. Ale zanim dojście do ich bezpośredniej konfrontacji, Touma ponownie wpadnie w przeróżne problemy świata magów. A żeby było mało kłopotów naszego pechowca, wciąż na głowie ma Misakę Mikoto, choć tym razem nie musi obawiać się rychłej śmierci od porażenia prądu.