Anime będzie opowiadać o losach bohaterów w równoległej linii czasowej w stosunku do tej znanej z pierwowzoru.

Nieznana, mroczna historia Steins;Gate opowiadająca o ekscentrycznym szalonym naukowcu Okabe, który próbuje otrząsnąć się z nieudanej próby uratowania Kurisu. Aby zapomnieć o przeszłości decyduje się na porzucenie swojego pełnego energii alter ego naukowca, niestety, kiedy wszystko wydaje się wracać do normy, nagłe spotkanie ze znajomą Kurisu sprawia, że tragiczne wspomnienia zaczynają do niego powracać. Znajoma ta wyznaje mu, że zaczęto testować urządzenie, które przechowuje ludzkie wspomnienia i na ich podstawie tworzy symulacje posiadające odpowiedni wygląd i osobowość. Okabe decyduje się na wzięcie udziału w testach i odkrywa, że symulacja Kurisu przywołuje w nim dawne cierpienia, a także powoduje nowe, nieoczekiwane, tragedie. Zero jest historią poboczną opowiadającą wydarzenia z przyszłości z wymiaru „Beta”, które sprawiają że zakończenie oryginalnej historii staje się możliwe.